El 26 de abril de 1998, la Iglesia Católica se vistió de luto: monseñor Juan Gerardi Conedera había sido asesinado en el interior de la casa parroquial de la iglesia San Sebastián, dos días después de haber presentado el Informe Guatemala Nunca Más, Recuperación de la Memoria histórica, REHMI.
El documento denunciaba atrocidades del Ejército durante el conflicto armado interno.
Surgieron varias hipótesis sobre el hecho, como que había sido crimen pasional o político, delincuencia común, o que Balú, el perro del sacerdote Mario Orantes, lo había atacado. Orantes vivía en la casa parroquial junto con Gerardi.
Los dos primeros sospechosos fueron Orantes, ya que mandó a lavar la escena del crimen y no avisó a las autoridades sino horas después, y la doméstica, Margarita López, por encubrimiento. Tras la investigación fueron señaladas como sospechosas 17 personas, 12 militares y cinco civiles.
Detención
El 20 de enero del 2000 fueron capturados los militares Byron Lima Estrada, Byron Lima Oliva (hijo de Lima Estrada) y el especialista del Ejército Obdulio Villanueva, de quien un testigo declaró en el juicio que estaba detenido en la cárcel de Antigua Guatemala y que salió ese día para cometer el crimen. Tres fiscales dirigieron la investigación: Otto Ardón, quien renunció por presiones, y dejó el caso a Celvin Galindo, quien argumentó que el crimen era político. Este tuvo que irse del país por amenazas de muerte, y Leopoldo Zeissig llevó el caso hasta el final.